Ông là con trai của Pharaoh Ptolemaios XII của Ai Cập (80-58 trước Công nguyên và 55-51 trước Công nguyên), ông kế vị cha mình vào mùa xuân năm 51 TCN, và cũng là vị vua hợp pháp của Ai Cập bởi cuộc hôn nhân của mình với chị gái Cleopatra VII của Ai Cập (69-30 TCN). Vào tháng 10 năm 50 trước công nguyên, Ptolemaios XIII được tôn lên làm vua cùng với bà, mặc dù thái giám Pothinus hành động như là nhiếp chính cho ông.

Vào mùa xuân năm 48 TCN, Ptolemaios XIII và Pothinus đã cố gắng lật đổ Cleopatra VII do tình trạng độc đoán ngày càng tăng của bà. Khuôn mặt của bà xuất hiện trên đồng tiền đúc, trong khi tên Ptolemaios XIII bị bỏ sót trên các tài liệu chính thức. Ptolemaios dự định trở thành người cai trị duy nhất, với Pothinus nắm quyền đằng sau ngai vàng.